Hi-C技术源于染色体构象捕获 (Chromosome conformation capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合优乐娱乐信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用,建立基因组折叠模型,还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等,并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述优乐娱乐体性状形成的相关机制。

目前有大量物种的基因组信息未被公布,即使已发布的基因组中,仅有26.6%的植物、12%的动物和15.4%的真菌基因组完成了染色体水平的组装;大多数基因组处于scaffold组装级别,这些物种需要用遗传图谱等技术将基因组组装提升至染色体水平,其中一些物种的群体构建具有很大难度,限制了基于遗传连锁图谱挂载scaffold的可行性、精度和准确性。然而Hi-C辅助基因组组装无需遗传图谱,单个个体就能将scaffold定位到染色体上,基因组组装提升至染色体水平。

产品优势
领先的建库技术

安诺基因研发团队对Hi-C技术整个建库测序流程进行优化,自环比例可低至1%左右,显著提高了建库成功率;同时,对现有植物Hi-C建库方法进行多种优化,突破植物Hi-C建库难关,最终成功提高了植物Hi-C有效数据比例,领先国际水平。

表1 安诺基因植物Hi-C与已发表文章数据比较
高分文章成果

安诺基因与法国居里研究所的Hi-C合作项目已发表文章3篇,此外与其他单位的合作项目亦有几个处于文章撰写与发表阶段。

表2 安诺基因Hi-C成果
丰富的项目经验

安诺基因与法国居里研究所、北医三院、中国科学院、中国农业科研院等多所科研院所已有丰富的Hi-C合作经验,参与了多项研究工作。 Hi-C物种经验囊括整个优乐娱乐界,包含动植物及微优乐娱乐:人、小鼠、猴、蚕、牛、鸡、猪、拟南芥、水稻、玉米、小麦、真菌等;项目经验涵盖人、小鼠细胞发育机制研究,癌症发生机理研究,经济作物优良性状研究,Hi-C辅助农作物基因组组装研究等多个领域。

定制化信息分析

安诺基因信息分析团队除提供Hi-C标准信息分析外,还注重与RNA-Seq、ChIP-Seq和甲基化等进行多组学联合分析。通过与合作伙伴共同研究探讨,针对不同项目制定个性化的信息分析方案,保证结果的创新性和可靠性。

自主研发Hi-C分析软件

安诺基因与法国居里研究所Edith Heard研究员及Hi-C技术发明人Job Dekker教授共同研发出Hi-C数据处理及可视化软件:HiC-Pro、HiTC。

■ HiC-Pro

■ HiTC