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全新的单细胞建库方法BaseMTLP即将发布,推动测序方法从二代向三代迈进

7 天前 优乐娱乐探索
导读:在2017年全球生殖与遗传高峰论坛上,贝康医疗即将发布全新的单细胞建库方法BaseMTLP。BaseMTLPT成功将单细胞扩增方法和测序前处理融为一步操作。通过特殊的转座酶,BaseMTLP将这两个耗时长、操作复杂的流程的操作时间从原来的15小时缩短至5小时,测序通量提升了3.2倍。BaseMTLP更类似于三代测序的前处理流程,一步完成样本处理。


全球基因测序领域领导者Thermo Fisher(赛默飞)与贝康医疗合作,将其全球生殖与遗传临床研究中心(以下简称“该中心”)落户在苏州优乐娱乐医药产业园(BioBAY)。通过该中心的建立,赛默飞希望推动其二代测序、单细胞扩增等技术在生殖健康领域的临床研究。据记者了解,9月17日,在该中心举办的高峰论坛上,贝康医疗将发布全新的单细胞建库方法BaseMTLPTM。这是单细胞扩增与二代测序技术应用的一次突破性进展。


图1:转座酶结构图

BaseMTLPTM功能实现的关键是,通过特殊的转座酶能够高度随机地在样本基因组上进行切割,并同时插入特定的文库接头序列,从而能够将单细胞扩增与测序文库构建这两个耗时长、操作复杂的流程升级整合至一步反应中完成,从而大幅节约了操作时间、降低了样本污染和人为出错的可能。目前,该方法主要用于三代试管婴儿中的胚胎植入前遗传学筛查(Preimplantation Genetic Screening, PGS)。通过对523例临床样本进行检测显示,BaseMTLPTM对于非整倍体和大于4M的微缺失微重复样本检测的敏感性与特异性均为100%。

BaseMTLPTM不仅实现了流程的优化,也取得了重要的性能突破。具体产品特征如下:

1、流程优化

常规用于PGS的单细胞建库方法包括单细胞扩增、片段化、加接头与PCR扩增4个步骤,实验周期为15小时;采用BaseMTLPTM方法后,仅需预处理和PCR扩增2个步骤,实验周期为5小时,同时减少了80%的转管操作和2次质检。BaseMTLPTM方法耗时仅为常规单细胞建库方法的1/3,实现了对整个流程的有效优化。

2、性能突破

BaseMTLPTM通过新一代测序芯片的升级,能够将测序数据量从90M提升至400M以上,从而使单次运行所检测的PGS样本数能够从原来的25个大幅提升至80个。BaseMTLPTM显著提升了测序通量,大大降低了检测成本,提高了检测效率。

市场常见单细胞扩增方法的对比

将BaseMTLPTM和MALBAC、GenomePlex、PicoPLEX这些单细胞扩增方法相比可以看出(见下图),BaseMTLPTM的均一性与全基因组测序结果(Bulk Data)非常接近。均一性是单细胞扩增产品最为重要的一项指标。通过均一性指标MAPD值的计算显示,BaseMTLPTM、MALBAC、PicoPlex、GenomePlex和Bulk Data的MAPD值分别为0.26、0.31、0.24、0.42和0.20。从数值可明显看出,BaseMTLPTM具有非常好的均一性。


图2:BaseMTLPTM与其他单细胞建库方法的均一性对比

另外,对代表产品稳定性的指标(重现性)进行研究,利用CV变异系数这一通用的考评标准对比评估各单细胞建库方法,BaseMTLPTM、MALBAC、PicoPlex、GenomePlex的CV值分别为0.13、0.19、0.15和0.22。CV值越低,再现性越高。这意味着BaseMTLPTM具有非常强的稳定性。

大样本临床试验

目前,BaseMTLPTM已进行了大样本的临床试验。在1M有效数据量和4%覆盖率的条件下,≥4M以上微缺失微重复的检出率达到100%。BaseMTLPTM的诞生缔造了又一次技术创新和升级,它将整个PGS的检测时间从原来的18小时缩短至8小时。这对于临床来说是一项具有重大意义的提升。由于PGS检测的周期长,胚胎都需要冷冻,不能进行鲜胚植入,BaseMTLPTM突破了现有的这一临床瓶颈,可以为有特殊需要的患者实现鲜胚植入,改变了PGS检测只能冷冻胚胎的历史。

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